Она предназначена для процессоров Skylake-S с сокетом LGA1151. Материнская плата изготовлена в стандартном формате ATX с черным текстолитом. Из новшеств можно отметить недавно представленный сетевой контроллер Killer E2500, а также новый host-контроллер USB 3.1 Gen2. А именно ASMedia ASM2142, который вышел на смену ASM1142.К CPU подключены два слота расширения PCIe 3.0 x16 с функцией Steel Armor, есть дополнительный механический слот PCIe 3.0 x16 и четыре слота PCIe 3.0 x1, но они работают уже от чипсета Z170. Присутствуют и четыре слота памяти DDR4 DIMM, тоже с функцией Steel Armor. Они позволяют установить до 64 Гбайт памяти. Что касается интерфейсов накопителей, MSI добавила не только два SATA Express и два SATA 6 Гбит/с, но также два порта M.2 с ключом M для скоростных SSD. Не обошлось и без диагностического дисплея.Кроме шести портов USB 3.1 Gen1 и USB 2.0 на MSI Z170A Gaming M6 присутствуют и два высокопроизводительных порта USB 3.1 Gen2, по одному Type A и Type C. Сетевое подключение реализовано упомянутым чипом Killer E2500 от Rivet Networks, который поддерживает максимальную скорость до 1 Гбит/с. Подсистема аудио представлена MSI Audio Boost 3. Для подключения колонок доступны пять 3,5-мм гнезд аудио, есть и оптический выход Toslink. Встроенный в процессор Skylake графический блок можно вывести через интерфейсы DVI-D и HDMI 1.4a.

Слабым местом предыдущего контроллера ASMedia ASM1142 было подключение. Чип можно было подключать через две линии Gen2 (10 Гбит/с) или одну Gen3 (8 Гбит/с). Подобная пропускная способность ограничивала скорость в случае одновременной нагрузки двух портов. Новый контроллер ASMedia ASM2142 обходит данный недостаток, поскольку он подключается по двум линиям Gen3 с теоретической пропускной способностью до 16 Гбит/с. Ее достаточно уже для нагрузки на два порта USB одновременно. MSI называет данную функцию Lightning USB.

MSI дала понять, что Z170A Gaming M6 станет основой для грядущих игровых материнских плат. В будущем MSI планирует тоже оснащать их сетевым контроллером Killer E2500 и новым host-контроллером USB 3.1 Gen2 ASM2142.